Perpustakaan Zam-Zam yang berada di dalam komplek Pondok Pesantren Modern Zam-Zam Muhammadiyah mulai dirintis pada tahun 2014. Pada awalnya perpustakaan belum memiliki ruang atau gedung tersendiri, melainkan masih bergabung dengan unit lain yaitu tata usaha. Pada saat itu, ruang tata usaha dibagi menjadi dua bagian, di mana satu bagian digunakan sebagai ruang perpustakaan, dan sebagian lainnya digunakan sebagai ruang tata usaha itu sendiri. Hingga pada bulan Juli 2015, akhirnya perpustakaan menempati salah satu ruang di komplek pondok putra dilantai 2 (dua) sehingga terpisah dari unit lain.

Satu tahun setelahnya, yaitu pada tahun 2016 pondok pesantren kembali menginisiasi dibukanya perpustakaan yang ditempatkan di komplek pondok putri. Sama seperti perpustakaan yang berada di komplek pondok putra, perpustakaan di komplek pondok putri ini juga merupakan perpustakaan yang diperuntukkan bagi peserta didik SMA maupun SMP MBS Zam-Zam. Pada perkembangan selanjutnya, pada tahun 2020 kebijakan Pondok Pesantren Modern Zam Zam kembali melakukan perubahan untuk perpustakaan dengan melaksanakan program penggabungan perpustakaan. Dua perpustakaan yang berlokasi di pondok putra dan pondok putri, akhirnya dipusatkan di satu ruang yang sama di komplek pondok putra.

Seiring dengan bertambahnya jumlah santri dan lokasi Pondok Pesantren Modern Zam Zam yang terbagi menjadi tiga lokasi kampus yaitu kampus 1 dan 2 di Desa Pernasidi dan kampus 3 di Desa Karanglo, maka pada tahun 2023 perpustakaan yang terletak di kampus 1 pondok putra difungsikan sebagai perpustakaan pusat dan untuk menjangkau layanan perpustakaan di kampus 2 pondok putri dan kampus 3 pondok karanglo dibentuklah perpustakaan cabang di dua lokasi kampus tersebut.